老板要注册三家公司的原因有以下几点：

风险隔离。如果业务范围较广，可能会出现某个项目出现问题的情况。由于业务之间的关联性，可能会影响其他部门的经营情况。注册多家公司可以隔离风险，即使一家公司破产，还有其他资产作为补充，避免一夜之间破产。

注册多家公司可以利用不同公司之间的业务往来，合理规避企业所得税。例如，可以利用个人独资企业核定征收的政策，将企业的进项成本和利润转移至个人独资企业，降低企业所得税。

搭建公司的基本架构。例如，使用一家家庭控股公司控股干活的公司和干活的个人独资企业，再通过税收洼地注册个人独资企业享受核定征收的优惠政策，提供相关服务给主有限公司，转移利润。通过流程，可以完成公司的基本架构搭建。

业务关联。当公司的业务范围和业务区域比较广的时候，可能需要使用公司公章和各类证件。多人使用同一家公司的资质会阻碍业务发展，因此可以拆分开多个公司来开展业务。

利润分红。注册多家公司可以做关联交易来调整利润，以便实现利润的最大化。

总的来说，注册多家公司可以帮助老板在降低税收、规避风险、优化业务结构、搭建合理公司架构等方面实现优化，从而实现企业的长期发展和利益最大化。但需要注意的是，在注册公司或进行税务规划时，需要遵守相关法律法规，确保操作合法合规。