普通发票和专用发票主要在以下三个方面有区别：

用途和费用计算：专用发票是供企业增值税一般纳税人生产运营增值税应纳税额项目采用的一类独特发票，它不但是通常的商事登记凭据，并且也是测算抵税税金的法定性凭据。而普通发票通常是指在销购商品、出示或接收服务项目和从事专业其它生产运营中，所出具和加收的收付款凭证。

使用主体：专用发票由国务院的税务主管部门确定印制企业，而普通发票则是由省一级的税务机关确定印制企业后，由从事经营活动并办理了税务登记的各类纳税人领购使用。

信息展示和抵扣方式：专用发票需要提供详细的信息(比如公司地址、以及开户行和账号)，并且不仅可以抵扣增值税也可以抵扣企业所得税。普通发票的种类有很多，比如增值税(电子)普通发票、卷筒发票、定额发票等。

总体而言，普通发票和专用发票在开具内容、使用主体和抵扣方式等方面存在差异，需要根据具体情况选择使用。