如果企业的税负率过低，可能会面临以下问题：

被税务机关质疑逃税：如果企业故意少报、漏报应纳税额，或者通过虚假报税的方式逃避缴纳税款，这会违反税收法规，并可能受到税务处罚甚至刑事处罚。

发票管理不规范：企业如果未按规定开具、保管、使用发票，或者发票开具不真实、不完整，这不仅会导致税负率偏低，还会影响企业的财务和税务信誉。

引发税务调查：如果企业的税负率明显偏低，可能引发税务机关的调查，他们可能会对企业的财务和业务进行详细的审核，以确认是否有逃税或其他违法行为。

经营不善或生产能力不足：企业可能由于经营不善或生产能力不足，导致销售额下降，从而使得增值税税负率偏低。

因此，企业应合理合规地计算和申报税负率，以避免不必要的税务风险。